סמכות החנינה מקנה לנשיא המדינה שיקול דעת ומרחב הכרעה עצמאי, וזו למעשה הסמכות המהותית ביותר של נשיא המדינה. סעיף 11(ב) לחוק-יסוד: נשיא המדינה קובע: "לנשיא המדינה נתונה הסמכות לחון עבריינים ולהקל בעונשים על ידי הפחתתם או המרתם".
על פי חוק יסוד: "נשיא המדינה "כל אדם רשאי לפנות אל נשיא המדינה (באמצעות מחלקת חנינות במשרד המשפטים) ולבקש כי תיבחן בקשתו להתערבות הנשיא בעניינו. לנשיא המדינה נתונה הסמכות לחון עבריינים ולהקל בעונשם על ידי הפחתת העונש שנגזר על אותו אדם או המרת העונש. כמו כן, על פי חוק המרשם הפלילי ותקנת השבים, התשמ"א – 1981, לנשיא המדינה נתונה הסמכות לקצר את תקופות ההתיישנות והמחיקה של ההרשעות המופיעות ברישום הפלילי.
בין אם מדובר באסיר המבקש לשנות את תקופת המאסר שהוטלה עליו ובין אם מדובר באדם שניתנה לגביו החלטה שיפוטית בהליך פלילי והוא מבקש לשנות את תוצאותיה, חשוב להבין כי סמכות עבור בקשת חנינה מהנשיא ע"י המדינה היא סמכות של "חסד ורחמים" והמיועדת למקרים חריגים בלבד בהם מתקיימות נסיבות ייחודיות ויוצאות דופן, והיא איננה חוליה נוספת במערכת המשפט ואיננה משמשת ערכאת ערעור על פסקי דין של בתי המשפט.
בקשה למחיקת רישום פלילי מהנשיא יכול להגיש מבקש החנינה בעצמו, באמצעות קרוב משפחה מדרגה ראשונה, או באמצעות עורך דין פלילי.